在使用中离子色谱耗材常见的问题是鬼峰或交叉污染，污染主要是由鬼峰或交叉污染造成的。如果额外鬼峰的峰宽与样品峰的类似（具有类似的保留时间），则污染物很可能是与样品同时进入色谱柱的。进样器中可能存在额外的化合物（即污染物）或样品本身存在这些化合物。溶剂、样品瓶、瓶盖和注射器中的杂质只是某些可能的污染源。进样样品和溶剂空白有助于发现可能的污染物源。

　　如果鬼峰峰宽比样品峰宽很多，则污染物极可能在进样样品时已存在于色谱柱中。这些化合物在上一次气相色谱进样结束时已存在于色谱柱中了。它们会在下次分析时洗脱，并且通常峰很宽。有时，多个鬼峰来自于多次进样叠加，因此，洗脱时呈现圆丘峰或圆包峰。这样的鬼峰常常随基线的漂移或偏离而出现。提高温度程序温度或延长时间，是较大限度减少或消除鬼峰的方法之一。另外，在每次进样后或进行一系列进样后进行短暂烘烤，也可以从色谱柱中去除保留性较强的合物，从而避免导致出现问题。